Obec Mlynky pozostáva zo siedmych územných častí, ktoré sú dopravne sprístupnené štátnou cestou II/535 a miestnymi cestami.
Cestnú dopravnú os tvorí priťah cesty II. triedy č.535 Dobšinský kopec (križovatka so štátnou cestou I/67) – Palcmanská Maša – Prostredný Hámor – Mlynky – križovatka s cestou II/ 533 v sedle Grajnár, východným smerom údolím Hnilca miestnou komunikáciou sú sprístupnené osady Rakovec a Sykavka, v severno-južnom smere rekreačné strediska Biele Vody a Havrania dolina.
Mlynky ležia vo východnej časti Slovenského Rudohoria na hornom toku Hnilca. Nadmorská výška v strede obce je 739 m n. m., v chotári 770 m n. m. (Palcmanská Maša), 760 m n. m. (Prostredný Hámor), 810 m n. m. (Biele Vody), 792 m n. m. Havrania Dolina, 740 m n. m. (Rakovec), 695 m n. m. (Sykavka), v chotári 690- 1266 m n. m.
Podľa geomorfologického členenia SR (Mazúr, Lukniš, 1978), patrí katastrálne územie Mlynky do geomorfologickej oblasti slovenské rudohorie, celku Volovské vrchy. Oblasť obce Mlynky tvoria horniny spišsko-gemerského palezolika.
Katastrálne územie v západnej okrajovej časti zasahuje do Národného parku Slovenský raj ( 3. stupeň ochrany v zmysle zákona č.287/1994 Z.z.). Väčšia časť riešeného územia je súčasťou ochranného pásma NP (2. stupeň ochrany). V severovýchodnej časti ochranného pásma sa nachádza Chránený areál (CHA) Knola ( 4.stupeň ochrany ).
V severozápadnej časti územie Biele Vody nadväzuje na Národnú prírodnú rezerváciu (NPR) Zejmarská roklina, ktorá je súčasťou NP a leží v k.ú. Dedinky a Smižany.